تحصیلات مقدماتی تا اجتهاد
این پدر و مادر در پرورش و تربیت فرزندشان کوشا بودند تا این‌که محمد به سنی رسید که می‌توانست به مکتب‌خانه عباسی [ملّا عباس علی] آن روز برود. پس او را به مکتب‌خانه بردند. بر اثر کوشش در مکتب‌خانه، دروس مقدماتی را از ملّا جعفر پدر شیخ باقر بهاری متوفی (۱۳۳۳) و ملّا عباس علی بهاری فراگرفت. ملّا جعفر عالمی وارسته و زاهد و از وجوهات استفاده نمی‌کرد و از راه کشاورزی امرار معاش می‌کرد و این استاد در ساختار اولیه مرحوم بهاری از علم و تقوا تأثیر بسزایی داشته بود. سپس بهاری راهی حوزه علمیه همدان شد و نزد آقا اسماعیل همدانی دروس حوزوی را ادامه داد. بعد از آن به حوزه علمیه بروجرد رفت و نزد آیت‌الله میرزا محمود طباطبایی پدر آیت‌الله سید حسین بروجردی رفت و در درس وی شرکت کرد و در سن ۳۲ سالگی حدود سال ۱۲۹۷ (هـ. ق) با اجازه اجتهاد به زادگاه خود بهار برگشت و در مدتی کوتاه در بهار ساکن بود.