ازدواج و فرزندان

پس از گذشت مدتی کوتاه به شهر بهار بازمی‌گردد و با دختری از اقوام ازدواج می‌کند و سپس به اتفاق همسرش به نجف اشرف بازمی‌گردد. خداوند دو دختر به نام‌های رقیه و خدیجه به ایشان عنایت می‌فرماید. دختر کوچک خدیجه در دوران مجرّدی از دنیا رحلت می‌نماید و رقیه با شخصی به نام سید هاشم از اهالی همدان در محله کبابیان ازدواج می‌کند. مدتی نمی‌گذرد که این عروس و داماد از دنیا رحلت می‌کنند و نسلی از مرحوم بهاری باقی نمی‌ماند. «آقا سید اسماعیل اصغری فرمود: شاید از نوادگان دختر بهاری کسی در کرج یا اطراف آنجا باشد.» برادر بزرگ شیخ به نام حاج صادق در سفری به نجف رفته و به شیخ محمد می‌گوید: بهتر است شما ازدواج کنید شاید خداوند به شما یک اولاد پسر عنایت فرماید. ایشان می‌فرماید: من شب و روز در خدمت مولایم امیرالمؤمنین علیه‌السلام به سر می‌برم. حضرت به من فرمود: خداوند متعال مصلحت ندانست که به شما اولاد ذکوری عنایت کند؛ لذا (ای برادر) ازدواج برایم فایده‌ای ندارد.