بهاری از دیدگاه بزرگان
۱- استاد ملّا حسینقلی همدانی (م ۱۳۱۱): شیخ محمد بهاری حکیم اصحاب من است.
۲- مرحوم شیخ آقابزرگ تهرانی در کتابش می‌گوید: شیخ محمد بهاری بزرگوارتر و بزرگ‌ترین شاگرد آخوند ملّا حسینقلی همدانی بود. تلمیذ اجل و وصی آخوند ملّا حسینقلی همدانی عالم سالک شیخ محمد بهاری همدانی نجفی متوفی ۹ رمضان ۱۳۲۵ در بهار بود.
۳- سید محسن امین عاملی نویسنده کتاب اعیان الشیعه که خود آخوند ملّا حسینقلی همدانی را درک کرده بود. درباره او می‌گوید: شیخ محمد بهاری عالمی ربّانی و سالکی مراقب در نجف نزد ملّا حسینقلی همدانی تلمّذ کرد و از خاص‌ترین شاگردان او بود. دارای صفات والا و مقامات بلندی بود. همیشه به علم مشغول و در همه حال صاحب مراقبه بود و وجودش مایه آثار شریفه بود. او نزد آخوند اخلاق و اصول و فقه را شاگردی نمود.
۴- فقیه نامدار آیت‌الله محمدحسین نائینی (متوفی) درباره او فرمود: شهر آنجاست که حاج شیخ محمد بهاری آرمیده است. مرحوم نائینی در جلسه درس به آیت‌الله نجفی فرمود: آیا اهالی همدان به زیارت قبر شیخ محمد بهاری مشرّف می‌شوند و تبرّک می‌جویند. آیت‌الله حاج سید محمد عرب زاده گفت: آیت‌الله نائینی در سال ۱۳۴۹ یا ۱۳۵۰ قمری درباره آیت‌الله بهاری با من صحبتی داشتند از من سؤال کردند از بهار تا همدان چقدر راه است؟ عرض کردم حدود ۲ فرسخ. فرمود: آیا به زیارت قبر ایشان می‌روید؟ عرض کردم سالی دو سه بار برای زیارت قبرش می‌رویم فرمود: در حقیقت همدان و شهر آن جاست که شیخ محمد بهاری آرمیده است. مرحوم سید آقا محمدحسین نجفی همدانی کولاتچی که داماد آیت‌الله نائینی بود و در مسجد معروف کولاتچ نماز می‌خواند می‌فرمود: من در خدمت آقای نائینی بودم، به من گفت: قبر شیخ محمد بهاری در همدان است؟ عرض کردم بله فرمود: مردم بهار و همدان به زیارتش می‌روند؟ عرض کردم: چرا، آن‌هایی که می‌شناسند می‌روند؟ فرمود: خیلی غنیمت است و شهر واقعی آنجا است که قبر ایشان در آنجا باشد.
۵- امام خمینی در تفسیر سوره حمد ص ۱۲۰ فرمود: یکی از آقایان می‌گفت: مرحوم شیخ بهاری عادلی کافر است. گفتم: عادل است یعنی چه؟ کافر است یعنی چه؟ گفت: عادل است برای آن‌که از روی موازین شرعی عمل می‌کند و به هیچ‌وجه معصیت نمی‌کند؛ اما کافر است برای این‌که خدایی که او می‌پرستد خدا نیست.
مور ضعیف ناتوان چون شکل یزدانی کشد **** بی‌شک به شکل مورچه با شاخ حیوانی کشد
۶- مرحوم آیت‌الله شیخ جواد انصاری همیشه برای زیارت قبر مرحوم بهاری راه ۱۹ کیلومتری را پیاده طی می‌کرد و می‌فرمود: بعد از قبر سلمان فارسی قبری را به نورانیت قبر شیخ محمد بهاری ندیدم.
۷- عالم ربّانی شیخ حسنعلی نخودکی اصفهانی (متوفی ۱۳۶۱) فرمودند: این حقیر فقیر کثیر التقصیر به مرحوم آقا شیخ محمد بهاری مودّت و ارادتی خاص داشتم. چنان‌که چند روز در نجف اشرف در خدمتشان بودم و ایشان نسبت به حقیر مرحمت و لطف ویژه‌ای عنایت فرمودند. پس از چند روز که حقیر عازم اصفهان شدم، تعلیق‌های به حقیر مرقوم فرمودند که در آن نوشته بود! اگر وصیت کنم تو را، زیره به کرمان بردن است؛ و اگر وصیت از تو بخواهم فالوده پیش هالو نهادن است؛ پس از اندکی فوت نمودند.
۸- آیت‌الله خامنه‌ای: مرحوم آقا شیخ محمد بهاری رضوان‌الله علیه شخصیت خیلی برجسته‌ای است ایشان هم فقیه بزرگی هستند و هم عارف‌اند. ایشان منشاء برکات زیادی بوده است. تذکرة المتّقین کتاب خیلی خوبی بود. اگر عرفان‌های صحیح و ناب هم چون عرفان شیخ بهاری به‌خوبی تبیین و معرفی شود، دیگر جوانان دنبال عرفان‌های دروغین نخواهند بود.
۹- آیت‌الله شیخ محمدحسین اصفهانی معروف به کمپانی در سفر زیارتی در کربلا که همراه مرحوم بهاری بود فرمود: حاج شیخ را در یک حالت تهجّد و عرفانی عجیب دیدم که قابل توصیف نبود تا جایی که آن حالت باعث حیرت من گردید.
۱۰- آیت‌الله سید حسن صدر (متوفی ۱۳۵۴) در تکملة امل الآمل می‌نویسد: شیخ محمد بهاری عالم عامل فاضل کامل از علماء اهل مراقبین و سالک مجاهدین و عالم ربّانی الهی بود او شاگرد مولی حسینقلی همدانی بود و دارای صفات و احوال جلیله و مقامات رفیعه بود. ساکن نجف اشرف مشغول به علم و عمل؛ و دائم المراقبه بود. وجودش نافع بود او از کسانی بود که هر که او را می‌دید خدا را می‌دید. به‌وسیله او جماعتی از اهل علم و کار هدایت شدند. امام رضا را زیارت کرد و مریض شد و در مراجعت از زیارت در شهر خودش بهار در تاریخ ۹ رمضان ۱۳۲۵ وفات کرد.